Blue Reflection: Second Light folgt Ao Hoshizaki, einem Mädchen, das an einem Sommerkurs für Zusatzunterricht teilnimmt und sich in einer unbekannten Welt verliert. Sie trifft auf drei Mädchen - Kokoro Utsubo, Yuki Kinjou und Renya Miyauchi -, die ihr Gedächtnis verloren haben und in einer isolierten Schule umgeben von Wasser leben. Eines Tages erscheint ein Pfad und ein Portal, das zu einer anderen Welt führt, und die Mädchen entscheiden sich, hindurchzugehen. Sie stoßen schließlich auf ein Monster und entdecken eine Kraft, die es ihnen ermöglicht, sich zur Wehr zu setzen. Zudem wird die Blue Reflection Hauptfigur Hinako Shirai im Spiel auftauchen, die ebenfalls ihr Gedächtnis verloren hat.
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