Das Jahr ist 2052 und die Welt ist ein gefährlicher und chaotischer Ort. Terroristen operieren offen - töten Tausende; Drogen, Krankheiten und Umweltverschmutzung töten noch mehr. Die Weltwirtschaft steht kurz vor dem Zusammenbruch und die Kluft zwischen den unermesslich Reichen und den verzweifelt Armen wird immer größer.
Die Game of the Year Edition enthält die neuesten Spielupdates und ein Software-Entwicklungskit, eine separate Soundtrack-CD und eine Seite aus einer fiktiven Zeitung, die in Deus Ex prominent vorgestellt wird und die jüngsten Ereignisse in der Spielwelt zusammenfasst.
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