"Doki Doki Pokémon Club!" folgt Natsuki, Yuri, Monika, Sayori und dem Hauptcharakter, als sie in die Pokémon-Welt gesogen werden. Sie müssen zusammenarbeiten, um einen Weg aus dem Spiel zu finden. Allerdings finden ihre persönlichen Probleme, die sie für sich behalten, immer einen Weg, um denen um sie herum zu schaden und sie auf ihrer Reise zu stoppen.
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