Eine Portierung von Final Fantasy IV für den WonderSwan Color wurde nur in Japan veröffentlicht. Sie basiert größtenteils auf der PlayStation-Portierung, verzichtet jedoch auf die FMVs und hat eine verringerte Bildschirmauflösung sowie heruntergerechnete Musik und Soundeffekte, um den Spezifikationen des Geräts gerecht zu werden.
Die WonderSwan Color-Portierung führt eine Reihe von grafischen Verbesserungen an Charakter-Sprites und Hintergründen ein, indem zusätzliche Details und Farbschattierungen bereitgestellt werden. Die originalen Charakterporträts wurden durch neue, kleinere Porträts ersetzt. Außerdem wurden bestimmte Boss-Sprites durch solche ersetzt, die in der japanischen Easy Type-Version des Super Famicom-Spiels enthalten sind.
Das Spiel bietet eine überarbeitete Schwierigkeit, die sich von den Original- und Easy Type-Versionen unterscheidet.
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