Final Fantasy IV Advance basiert größtenteils auf der WonderSwan Color-Version. Einige Änderungen umfassen das Hinzufügen von Charakterporträts in Textboxen, die Möglichkeit, Party-Mitglieder zu wechseln, erhöhte Schwierigkeit und neue Dungeons mit neuen Gegenständen und Waffen sowie neuen Bossen. Das Skript erhielt eine erneute Übersetzung, die dem Originalmaterial treuer ist. Das Schnellspeichern, das es dem Spieler ermöglicht, die aktuelle Position (unabhängig davon, wo) in einer Datei zu speichern, die beim Laden gelöscht wird, ist ebenfalls enthalten.
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