Genma Onimusha enthielt viele Änderungen gegenüber der Originalveröffentlichung. Neben dem obligatorischen geringfügigen grafischen Upgrade gab es verschiedene Änderungen, um den Schwierigkeitsgrad zu erhöhen. Die Monster sind stärker und es gibt insgesamt mehr von ihnen im Spiel, aber die bedeutendste Ergänzung ist die grüne Seelenenergie. Einige Feinde setzen diese frei, wenn sie sterben, und der Spieler muss sie einfangen, bevor andere Monster es tun. Der Spieler kann vorübergehende Unverwundbarkeit erlangen, aber die Monster werden schneller und stärker. Darüber hinaus gibt es ein neues Gebiet, mehrere neue Kostüme, Feindesgliedmaßen können unter bestimmten Bedingungen von deiner Waffe abgeschnitten werden, einige neue Zwischensequenzen und einen neuen Superangriff.
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