Metroid wurde zuerst für das Famicom Disk System, ausschließlich in Japan, veröffentlicht. Aufgrund der verbesserten Hardware-Unterstützung verfügt es über ein Speichersystem, weniger Verlangsamungen und eine bessere Musikqualität. Allerdings fehlen im Vergleich zur internationalen Version die zweite Quest nach dem Durchspielen des Spiels, die Spieler können nicht Justin Bailey Samus (Zero Suit) verwenden und es ist insgesamt weniger anspruchsvoll in Bezug auf Schwierigkeit und Endspielanforderungen.
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