Oddworld: Munch's Oddysee spielt im fiktiven Oddworld-Universum und findet nach den Ereignissen von Abes Exoddus statt. Der Spieler kontrolliert Munch sowie Abe, den Helden der vorherigen Oddworld-Spiele. Abes Fähigkeiten haben sich seit dem letzten Spiel nicht viel verändert: Wie zuvor muss GameSpeak verwendet werden, um mit anderen Kreaturen zu kommunizieren und sie in Sicherheit zu bringen. Seine Mit-Mudokons können nun auch befohlen werden, Feinde anzugreifen. Abe kann außerdem Mudokons oder Munch greifen und werfen, um sie zu Bereichen zu führen, die sie sonst nicht erreichen könnten. Auch das Besitzen von Feinden spielt eine Rolle und ist notwendig, um viele der Rätsel zu lösen. Die Besitzfähigkeiten können nun auch genutzt werden, um Streitigkeiten zwischen Feinden zu entfachen und sie gegeneinander kämpfen zu lassen.
Der Spieler kann während des Großteils des Spiels sofort zwischen Abe und Munch wechseln. Munch bringt neue Fähigkeiten mit: Er kann sein Sonar verwenden, um bestimmte Kreaturen zu kontrollieren oder zu immobilisieren, sowie schwimmen. Eine weitere Neuerung ist die Möglichkeit, Verkaufsautomaten zu nutzen, die verschiedene Gegenstände verkaufen, die die Fähigkeiten der Protagonisten verbessern. An bestimmten Punkten können Abe und Munch auch mechanische Kreaturen fernsteuern.
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