SEGA veröffentlichte 2003 eine aktualisierte Version von Phantasy Star Online Episode I & II für den Nintendo GameCube unter dem Namen Phantasy Star Online Episode I & II Plus.
Früh im Versuch, nicht signierten Code auf dem GameCube auszuführen, stellten Leute fest, dass beim Spielen von PSO und der Verbindung zu einem Server mit dem GameCube Broadband Adapter ein normaler PC vorgeben konnte, ein Server zu sein, was das Spiel täuschte.
Nach der Verbindung konnten Daten zurück zum GameCube gestreamt werden, was Hacking und falsche Server erleichterte. Phantasy Star Online Episode I & II Plus wurde entwickelt, um dieses Problem zu beheben. Neben diesem Problem fügte SEGA diesem Spiel zusätzliche Inhalte für den Offline-Modus hinzu, darunter:
- Episode II Challenge-Modus, der zuvor nur online verfügbar war.
- Zuvor nur online verfügbare Quests, Seat of the Heart, West Tower und East Tower, sind nun offline verfügbar.
- Central Dome Fire Swirl, eine herunterladbare Quest für die Xbox, ist nun offline verfügbar.
- Die herunterladbaren Gegenstände aus der Quest Fake in Yellow sind nun offline verfügbar.
Abgesehen von einigen zusätzlichen Cheat-Schutzmaßnahmen lief Phantasy Star Online Episode I & II Plus genau wie die Originalversion, und alle Daten von Charakteren, Gegenständen usw. können sofort zwischen den beiden ausgetauscht werden.
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