Obwohl Pokémon Stadium 2 eine Handlung hat, kann man im Spiel vorankommen, indem man Pokale im Stadion gewinnt und das Arenaleiter-Schloss abschließt. Wenn alle Pokale gewonnen und das Arenaleiter-Schloss abgeschlossen wurden, wird der Rivale des Spielers erscheinen. Wenn der Rivale besiegt wird, wird Runde 2 freigeschaltet, in der der Spieler das Stadion, das Arenaleiter-Schloss und den Rivalen erneut herausfordern muss, um das Spiel abzuschließen. Allerdings haben sie unterschiedliche Pokémon und der Schwierigkeitsgrad ist viel höher.
Stadion:
Der Spieler beginnt, indem er 6 verschiedene Pokémon auswählt. Es gibt 250 verschiedene Pokémon zur Auswahl, darunter auch legendäre Pokémon. Pokémon-Turniere finden im Stadion statt. Es gibt vier Pokale, an denen man teilnehmen kann. Jede Runde besteht aus acht Kämpfen, und jeder Pokal außer dem Kleinen und dem Prime Cup besteht aus vier Runden, die nach Pokébällen benannt sind und die man abschließen muss, um diesen Pokal zu gewinnen.
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