Die Ereignisse von S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat spielen kurz nach dem Ende von S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl. Nachdem sie den offenen Weg zum Zentrum der Zone entdeckt haben, beschließt die Regierung, eine groß angelegte militärische Operation namens "Fairway" durchzuführen, um das CNPP unter Kontrolle zu bringen.
Gemäß dem Plan der Operation soll die erste Militärgruppe eine Luftaufklärung des Gebiets durchführen, um die detaillierten Layouts der anomalen Felder zu kartieren. Anschließend sollen die Hauptstreitkräfte unter Verwendung der Karten entsandt werden. Trotz gründlicher Vorbereitungen scheitert die Operation. Die meisten Avantgarde-Hubschrauber stürzen ab. Um Informationen über die Gründe für das Scheitern der Operation zu sammeln, entsendet der ukrainische Sicherheitsdienst ihren Agenten ins Zentrum der Zone.
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