Der Spieler führt ein vierköpfiges Team (drei KI-gesteuerte Teammitglieder) der United States Navy SEALs durch 12 Missionen in vier Regionen: Alaska, Thailand, Kongo und Turkmenistan in den Jahren 2006 und 2007. In den Einzelspielermissionen können Befehle entweder über das mitgelieferte USB-Headset gesprochen oder über ein Bildschirmmenü erteilt werden, falls das optionale SOCOM-Headset nicht gekauft wurde. Typische Missionen bestehen darin, Terroristen zu töten, Geiseln zu retten, Geheimdienstinformationen zu beschaffen oder terroristische Stützpunkte zu zerstören.
Der Spielercharakter trägt den Codenamen Kahuna, während die NPC-Teammitglieder die Codenamen Boomer, Spectre und Jester haben. Das Team ist in zwei Untergruppen unterteilt, Alpha und Bravo. Die Alpha-Gruppe besteht aus dem Spieler und Boomer, während die verbleibenden beiden Bravo bilden. Befehle können sowohl an Einzelpersonen als auch an die gesamte Gruppe erteilt werden, zum Beispiel ist es möglich, Team Bravo anzuweisen, sich nicht zu bewegen, während der Spieler das Gebiet mit Boomer erkundet. Der Spieler kann jedoch nicht alleine durch eine Karte streifen, wenn Kahuna zu weit von Boomer entfernt ist, wird er automatisch dem Spieler folgen, unabhängig von vorherigen Befehlen. Vor jeder Mission werden Besprechungen und Informationen wie Karten und Fotos gegeben.
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