In der 3DS-Version von Sonic Generations ist das Gameplay von Modern Sonic ähnlich dem von Sonic Rush und der DS-Version von Sonic Colors. Er hat den Boost, die Fähigkeit, unter Hindernissen hindurchzurutschen, von Wänden abzuspringen und den Homing Attack. Nach der zweiten Ära lernt Modern Sonic den Stomp. Modern Sonics Level nutzen den 3D-Effekt der Tiefe in der 3DS-Version aktiver und bieten eine bessere Sicht, wenn Modern Sonic in den Hintergrund springt, obwohl die Konsolen-Versionen 3D-TV-kompatibel sind. In der HD-Version kann Modern Sonic nur von bestimmten Paneelen abwärts springen (ähnlich wie in der DS-Version von Sonic Colors), aber in der 3DS-Version kann er an jeder Wand abwärts springen (ähnlich wie in Sonic Unleashed und der Wii-Version von Sonic Colors).
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