Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles wurde remastered und als Teil der Sonic Origins Compilation veröffentlicht, zusammen mit den Remasters von Sonic 1, 2 und CD. Es hat Verbesserungen gegenüber der Originalversion, wie Breitbildunterstützung und höhere Auflösung, da es in einem anderen Motor als das Originalspiel läuft. Wie die anderen Ports in der Compilation fügt auch dieses Remaster die Drop Dash-Fähigkeit hinzu, die in Sonic Mania vorkam.
Ein Teil des Soundtracks musste zu den Liedern des PC-Ports von Sonic the Hedgehog 3 geändert werden, die auf dem Beta-Soundtrack des Spiels basieren.
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