Diese Version von Super Mario 64, die ursprünglich nur in Japan veröffentlicht wurde, ist eine Verbesserung gegenüber der internationalen Version des Spiels, da sie alle Fehlerbehebungen sowie grafischen und klanglichen Änderungen beibehält. Die Hauptunterschiede dieser Version sind die Unterstützung des Rumble Pak, einige kleine Fehlerbehebungen, wobei der berühmteste die Entfernung des rückwärts langen Sprungs ist, eine sehr wichtige Technik für die Speedrunning-Szene, und ein neues Titelbildschirm-Easter-Egg. Diese Version wurde später auf dem iQue Player in China veröffentlicht (ohne Rumble-Unterstützung), auf der japanischen Wii und Wii U Virtual Console. Schließlich wurde sie lokalisiert und international als Teil von Super Mario 3D All-Stars veröffentlicht (unter dem Namen "Super Mario 64"), mit kleinen visuellen Verbesserungen.
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