Das Ziel von Super Monkey Ball 2 ist es, einen Affen, der in einer Plastikkugel gefangen ist, durch ein Labyrinth zum Ziel zu führen. Es gibt drei Varianten: Story-Modus, Herausforderungs-Modus und Übungs-Modus. Im Story-Modus hast du eine unbegrenzte Anzahl von Versuchen, um einen Abschnitt abzuschließen, und nach dem Abschluss von 10 Abschnitten wird ein Filmclip gezeigt, gefolgt von einer neuen Welt mit 10 Abschnitten. Im Herausforderungs-Modus hast du eine begrenzte Anzahl von Affen und ein Zeitlimit, um zahlreiche Level mit steigendem Schwierigkeitsgrad abzuschließen. Im Übungs-Modus kannst du jeden bereits abgeschlossenen Abschnitt aus den anderen beiden Modi spielen.
Zusätzlich zu den Hauptspieloptionen sind zahlreiche Partyspiele enthalten. Dazu gehören Affenrennen, Affenkampf, Affenziel, Affenbillard, Affenbowling, Affengolf, Affenboot, Affenschuss, Affenluftkampf, Affenfußball, Affenbaseball und Affentennis. Die Partyspiele können von ein bis vier Spielern gespielt werden.
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