Die Handlung wird aus einer Third-Person-Perspektive gespielt, während die Spieler gegen eine Reihe von gepanzerten Soldaten, mutierten Kreaturen und Erzfeinden wie Sabretooth, Magneto, Wendigo, Lady Deathstrike und Juggernaut kämpfen. Während Professor X Wolverine mit telepathischen Kräften unterstützen kann, muss der mürrische Comic-Held letztendlich sein Abenteuer alleine bestreiten. Zu diesem Zweck müssen die Spieler auf Wolverines einzigartige Talente zurückgreifen, um alle Arten von Hindernissen zu überwinden. Wolverine wird in der Lage sein, seine Beute zu jagen und zu verfolgen, indem er seinen ausgeprägten Geruchssinn und seine Fähigkeit, Körperwärme zu erkennen, einsetzt. Während Wolverine sich durch die Militäranlagen bewegt, muss er Verteidigungssystemen und Wachen ausweichen und Wege finden, um in verschlossene Räume einzudringen, um die Informationen zu entdecken, die er zum Überleben benötigt.
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