Die SNES-Version des Spiels hat dieselbe Form des VS-Modus und des Action-Modus wie ihr Vorgänger. Es gibt jedoch einige bemerkenswerte Unterschiede zwischen den alten und neuen Versionen. Zunächst sind die Grafiken erheblich verbessert und mit kräftigen Farben versehen, die das Spiel ästhetisch ansprechender machen als die frühen Versionen des Spiels. Das Design für Yoshi ist ein weiterer wichtiger Unterschied, der sich von seiner NES-Inkarnation zu einer ähnlicheren Version entwickelt hat, wie man sie in Yoshi's Island sieht.
Die SNES-Version verfügt über einen zusätzlichen Puzzle-Modus, in dem die Spieler das Spielfeld in einer begrenzten Anzahl von Zügen leeren müssen. Es gibt 100 einzigartige Rätsel in diesem Modus.
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