Die Game Boy Advance-Version ist ein Puzzle-Spiel aus der Vogelperspektive. Der Spieler erkundet Hogwarts und muss an Klassen teilnehmen, die oft eine Herausforderung darstellen, eine bestimmte Anzahl von Gegenständen zu sammeln, wie zum Beispiel Herausforderungssterne oder Zutaten für Tränke. In diesem Spiel treten die bekannten Monster aus den anderen Spielen der Serie auf, wie Schnecken und Gnome. Indem Harry zaubern lernt und Missionen abschließt, kann er zusätzliche Hauspunkte sammeln, damit Gryffindor den Hauspokal gewinnen kann. Wenn er sich jedoch schlecht benimmt, indem er andere Schüler angreift oder nachts durch die Gänge streift und erwischt wird, werden ihm Punkte abgezogen.
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